昆明医科大学第二附属医院成立于1952年。它的真名是昆明工人医院。1962年更名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌为昆明医学院第二临床医学院。目前已发展成为一所科室齐全、名医荟萃、机械设备先进、技术实力雄厚，集诊疗、教学、科研、防治、保健为一体的大中型综合性医院。是国家卫生部批准的首批“三级甲等医院”、“全国百强医院”和国际救援中心(SOS)网络医院，也是首批省、市医保定点医疗医院。
昆明医科大学第二附属医院现有职工1447人，其中，专家、教授、副教授292人，博士研究生、硕士生导师74人，博士26人，研究生176人，省部级学会理事长22人，中国医师协会技术协会委员会42人，享受政府特殊津贴12人，云南有突出贡献专业技术人员10人，享受省国务院津贴7人，获全国卫生系统先进工作者称号2人，留学回国人员近200人。
目前，昆明医科大学第二附属医院拥有住院床位1200张，对外开放床位933张。医院床位使用率130.4%，门诊病人60多万人次，住院病人3万人次，手术治疗1.5万人次，平均住院时间12.8天。
昆明医科大学恩德附属医院设有临床医学、康复医学等53个科室，是本省科室齐全的综合性定点医疗机构。有肝移植、肝胆胰、中西医结合、烫伤、亚低温治疗、康复医学等6个省部级研究所;烧伤科、肝胆胰普外科、泌尿外科、皮肤美容科、脑外科、骨科6个云南省临床医学重点专科;心梗基础、脑血管病、泌尿外科、红斑狼疮、护理专业5个省部级研究室;肝胆胰、烫伤、泌尿男科、微创外科、肝移植、重症医学、康复医学等学科进入国内、省内领先队伍;是区域性临床试验基地(含10个专科)、云南化学中毒救援基地和医师规范化培训基地。
昆明医科大学第二附属医院拥有10万元以上大中型医疗器械近200台(套)，其中1.5t西门子PLC核磁共振MRI、螺旋CT、数字血管造影胃肠机(DSA)、伽玛刀(头刀、体刀)、道尼尔碎石机、高压氧舱、氩氦刀、人工肝治疗系统等大中型技术装备。
1999年,昆明医科大学附属第二医院成功实施云南首批人同种异体肝移植手术，目前,已成功执行73件，排名云南第一，部分肝移植手术相继成功，联合肾移植，心血管移植，角膜移植,造血干细胞移植、带膜人工毛细血管腔内屏障治疗胸主动脉瘤，可调式人工晶状体植入术，前路脊柱侧弯矫正，人工膝关节镜检查，经颈静脉门静脉分离术、腹腔镜脾切除术、间充质干细胞治疗肝硬化腹水、干细胞用于治疗神经系统疾病、脐带间充质干细胞治疗自体免疫性疾病和烧伤、CD34阳性细胞分选造血干细胞移植治疗靶向红斑狼疮、异基因造血干细胞移植、猴脑选择性超深低温血液完全阻断80分钟及复苏试验等一大批新技术、新项目，推动医院整体诊疗技术力量不断迈入医学、药学新高峰。
近年来，昆明医科大学第二附属医院共承担处级以上科研项目141项，获科研成果奖54项，其中国家卫生部科研成果三等奖1项，中国医药科技甲A类1项病房和省科技创新一等奖1项。出版图书57本，其中我院主编的《实验外科学》被指定为国家级研究生专用教材。SCI网站收录毕业论文7篇。积极与国际医学界合作。与美国、法国、德国、日本、澳大利亚、泰国、芬兰、新加坡等数十个地区及港澳台地区的医院有深入的科研合作、人才培养协议和国际学术交流。还先后派出多批医疗队支援乌干达。
昆明医科大学第二附属医院党政领导把解放思想、提升思想、抢抓机遇，贯彻医改战略方针和当前方针，走内生发展之路、为民服务之路作为改革创新的指导原则，以患者选医选院为切入点，以行风建设推动医院改革创新。该院以后勤社会化改革为示范点，把人事分配机制改革放在首位，
重点实施三级医师聘用，医院实行科主任领导干部下的三级医师负责制。医学教育互惠互利，全面推进医学教学改革，形成“教学与教学管理一体化”的管理机制。
